Трудовую деятельность начал в 1970 году ассистентом кафедры марксизма-ленинизма Уссурийского государственного педагогического института, с 1973 года – аспирант Московского государственного педагогического института им. В.И. Ленина.

С 1977 года – преподаватель Хабаровского государственного педагогического института.

С сентября 1986 года по январь 2006 года Анатолий Александрович возглавлял Биробиджанский государственный педагогический институт, который в 2005 году по инициативе А.А. Сурнина и при его непосредственном участии был преобразован в государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Дальневосточная государственная социально-гуманитарная академия".

За годы работы под руководством А.А. Сурнина институт провел более тринадцати выпусков, подготовил более шести тысяч педагогов, расширил подготовку специалистов с высшим образованием с трех до двадцати четырех специальностей, открыл аспирантуру по десяти направлениям. В вузе создана современная материально-техническая база, обеспечена высокая компьютеризация учебного процесса.

Анатолий Александрович на высоком профессиональном уровне вел научную и педагогическую деятельность на кафедре философии, консультировал аспирантов и молодых преподавателей. В 2001 году стал дипломантом конкурса учебных пособий для студентов-заочников в г. Благовещенске, а в 2002 году – дипломантом регионального конкурса учебно-методических комплексов в г. Хабаровске. Его монографии "Даосизм" в 2002 году присвоен гриф Международной академии наук педагогического образования.

Анатолий Александрович Сурнин был бессменным председателем ученого Совета Биробиджанского государственного педагогического института, являлся академиком-секретарем Международной академии наук педагогического образования, членом Совета по экономическому развитию Еврейской автономной области при правительстве области и комиссии по социальному развитию г. Биробиджана, депутатом Городской Думы г. Биробиджана трех созывов, членом редакционно-издательского совета института комплексного анализа региональных проблем Дальневосточного отделения Российской Академии наук.

Анатолий Александрович награжден медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени, в 2004 году ему присвоено почетное звание "Заслуженный работник высшей школы Российской Федерации". Почетное звание "Почетный гражданин Еврейской автономной области" присвоено ему посмертно.

В 2006 году Анатолий Александрович ушел из жизни. Памятная доска установлена на здании учебного корпуса Дальневосточной государственной социально-гуманитарной академии.